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Il est né dans une famille de cultivateurs originaire de Dardilly, dans la région lyonnaise.
En 1806 le curé d’Écully, M. Balley, ouvrit un petit séminaire où Jean-Marie fut envoyé. C’était un élève médiocre, surtout parce qu'il avait commencé à étudier très tard. Il éprouvait de grandes difficultés, et ses connaissances se limitaient à un peu d’arithmétique, un peu d’histoire et un peu de géographie. L’étude du latin était pour lui un supplice bien qu’il fût aidé par son condisciple Mathias Loras, qui devait devenir le premier évêque de Dubuque et qui lui donnait quelques leçons.
Ses maîtres cependant, voyant sa piété, ne doutaient pas de sa vocation. La guerre d’Espagne réclamait alors beaucoup de soldats et il fut enrôlé par erreur. Comme il avait été malade (il était encore convalescent), il éprouva des difficultés à rejoindre son régiment, s'égara et, pour ne pas être puni comme déserteur, accepta la proposition d'un paysan de le cacher sous un faux nom, comme instituteur dans son village ; puis son jeune frère ayant accepté de servir à sa place, il put regagner le petit séminaire. Il n'entendait rien à la philosophie du fait qu'elle s'enseignait en latin, mais son évêque qui connaissait sa piété finit par l’ordonner prêtre en 1815.
Il fut alors envoyé à Écully comme vicaire de M. Balley, puis après la mort de celui-ci comme curé en 1818 à Ars, village de la région lyonnaise qui comptait environ 200 habitants à l'époque.
